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A.玉兔二号；通信

B.嫦娥四号；导航

C.长征五号；短信

D.绕月卫星；授时

正确答案：B

【解析】分别将选项代入题干，确定逻辑关系。
A项：“玉兔二号”是“嫦娥四号”的任务车，其主要功能是巡视和收集信息，不是承担“探月”任务的主体，“北斗三号”的主要功能包含“通信”，二者属于功能对应关系，前后逻辑关系不一致，排除；
B项：“嫦娥四号”是探测器，其主要功能是“探月”，二者属于功能对应关系，“北斗三号”的主要功能包含“导航”，二者属于功能对应关系，前后逻辑关系一致，符合；
C项：“长征五号”是运载火箭，其主要功能是运载，与“探月”无明显逻辑关系，“北斗三号”与“短信”无明显逻辑关系，前后逻辑关系不一致，排除；
D项：“绕月卫星”有“探月”功能，二者属于功能对应关系，“北斗三号”有“授时”功能，但“绕月卫星”是一类概念，“北斗三号”是个具体的导航系统，前后逻辑关系不一致，排除。
因此，选择B选项。